Lig šiol buvęs netyrinėtas Kupiškio (Aukštupėnų) piliakalnis daugelio tyrinėtojų laikomas nuo kryžiuočių puolimo gynusios pilies vieta. 2017–2018 m. piliakalnyje buvo atlikti tarpdisciplininiai tyrimai: ištirtas 20 m2 plotas, padaryta 150 gręžinių, atlikti geofizikiniai aikštelės matavimai, laboratoriniai grunto ir archeologinės medžiagos mėginių tyrimai. Rezultatai iš esmės atitiko teorinį Sėlos krašto piliakalnių raidos modelį, kartu pateikė gana netikėtų duomenų apie piliakalnį. Prieš apgyvenimą kalva buvo visiškai kitokios formos, nei matoma dabar. Archeologiniai tyrinėjimai patvirtino geocheminių grunto tyrimų pagrindu iškeltą prielaidą, jog kalva apgyventa dar I tūkstantm. pr. Kr. Aikštelės pakraščiuose VIII–V a. pr. Kr. suręsta akmenų, grunto, medžio konstrukcija per tą laiką bent kelis kartus degė ir vėl buvo atstatyta. Radiniai rodo, kad piliakalnyje gyventa ir erų sandūroje, tačiau to meto kultūrinio sluoksnio ar įtvirtinimų neaptikta. I tūkstantm. po Kr. piliakalnis galėjo tarnauti atsiradus pavojui, ugnis jo įtvirtinimus naikino V–VI a. ir VIII–X a. Vėlesnių laikų pėdsakų neaptikta.