Lietuvos vėlyvųjų viduramžių – ankstyvųjų naujųjų laikų (XIV a. pabaigos – XVIII a.) senkapių kontekste išsiskiria kapai, įkasti į geležies amžiaus pilkapius. Iki šiol Lietuvoje rasta mažiausiai 400 vėlyvų kapų 26-iuose pilkapynuose, dar bent apie 25-is pilkapynus turima fragmentiškos informacijos. Ankstyviausi kapai senuose pilkapiuose datuotini XIV a. pabaiga – XV a., tačiau masine tokia laidosena tapo XVI–XVII a. Pagrindinis šio papročio sklaidos arealas yra Žemaitija ir Šiaurės Lietuva. Įranga, orientacija, įkapių komplektais šie kapai niekuo neišsiskiria iš istorinių laikų senkapių. Kapinynų sugrįžimą į senuosius pilkapynus reikia sieti su Lietuvos christianizacija. Viena vertus, iki XVI a. Lietuvos provincijos gyventojų evangelizacija nebuvo intensyvi, todėl neįsitvirtino laidojimas bažnyčių šventoriuose ir krikščioniškos apeigos. Kita vertus, Reformacijos ir ypač Kontrreformacijos laikotarpyje sutankintas bažnyčių tinklas, išaugęs Bažnyčios spaudimas laikytis krikščioniškų laidojimo apeigų bei lupikiški mokesčiai už jas, krikščionybės autoriteto stoka galėjo skatinti gyventojų priešiškumą. Jiems teko ieškoti nuošalesnių vietų kapinynams, ir jas kai kurios bendruomenės rado senuose pagoniškuose pilkapynuose.